剧集以隐形任务战略部队及反恐特勤队作为剧集主题，讲述一众反恐精英与不法份子掀起连场激斗的故事。
13个关于未来的故事《苟延残喘》、《爱的替身》、《后美好时代》、《极乐太平山》、《春日里的温妮莎》、《1.2米的距离》、《千针百孔》、《机械人三原则》、《BFGF》、《坚尼地公审》、《没有悲伤的世界》、《裂缝》及《声音监狱》，透过不同单元，探讨人性与科技之间的关系。
古峰（吴孟达 饰）和段海（刘江 饰）皆是苍穹派弟子，因为盗取了极乐神功的秘籍，古峰保住了段海，自己却被逐出师门。为了报答古峰，段海收养了他的儿子古玉楼（吴镇宇 饰），对其悉心教导，段海待古玉楼之好，甚至超过了待他的亲生儿子段飞（周星驰 饰）。
张一健（马国明 饰）与范子妤（杨怡 饰）婚后生活甜蜜，子妤更已怀孕。有一天，医院发生灾难应变，其中有伤者感染传染病，令当日负责手术的子妤被迫接受隔离，幸好最后靠病理学家洛文笙（吴启华 饰）解决传染病事件。子妤虽然脱困，可是旧病忽然复发，需要接受电疗，无法保住胎儿，一健、子妤唯有忍痛决定流产。手术完成后，子妤表面释怀，可是一健知道爱妻只是强忍伤痛。祸不单行，一健手术病人的病情突然急转直下，病人家属认为是医疗失误，向一健追究责任。一健怕子妤担心，隐瞒事件。与此同时，一健母亲黄笑莺（黄淑仪 饰）发现类风湿关节炎日渐恶化。一健于家庭及工作的双重压力夹击下，焦虑指数急升。
故事主要围绕方家一家人展开，方家以参茸海味店为祖业，十多年均由长女方沛琪（汪明荃）主理，现今发展已上轨道。琪一向是方家支柱，在外坚守祖业；在内则姐兼父职，对一向醉心于演艺事业的妹方沛恩（毛舜筠）及甚受方母宠爱的弟方沛辉，均严加管教，但却关怀备至，对母曾丽卿（谭倩红）则非常孝顺；而与方父老朋友兼海味店老伙计林汉忠（胡枫），感情甚佳，忠更视琪为契女。 琪欲放下事业、家庭的包袱与拍拖多年的男友结婚，却料不到男友已另结新欢，琪悲愤之余，决定提出分手。琪情变之时，幸得一位因工作而认识的朋友方咏诗（李司棋）开解，彼此后来更成好友。此时，诗母冯贵娥（南红）由美返港，透露诗与琪其实为同父异母的姐妹，二人均感晴天霹雳。 诗与琪本性格相投，二人亦惺惺相惜，然上代错综复杂之恩怨，加上重重误会，却把二人推到互不相容的地步，在事业及感情上均有纠葛。
卓一航文武双全，获太子赏识提拔入宫。练霓裳为野狼所养，后得剑客凌慕华传授剑艺，出手狠辣，被冠以「玉罗刹」之外号。一次练被朝廷高手围剿受伤，幸得卓出手相救，并对其悉心照料。练初尝真情，深深受到打动，更向其表白爱意，惟卓因未能摒弃门户之见而拒之，练伤心不已。后卓再遇练，终为练之真情感动。二人更联手对抗奸臣魏忠贤及东西厂特务。一次，卓被师兄挑拨而与练对敌，更出手伤她，练肝肠寸断，伤心至一夜白头。卓悔咎不已，决抛一切功名找练，惜为时已晚，练已飘然远去.....
宋仲基与徒弟邝港生是两大投资银行家，但港生为利益不择手段，两师徒走向决裂。仲基专横自大，却因一次坠机意外变成「90后」的包豹，被迫与阿姨包美娜同居，又怀疑妻子凌洁茹跟港生出轨。迷惘之际，仲基巧遇刘行，有感惺惺相惜，并联同他寻找回复真身之法。仲基为重拾昔日光景，审时度势，决与银行界名门尚家有血海深仇的港生，以及欲报契爷之仇的刘行联手，兵分三路混入尚家「做世界」，引发一场跨越世代的惊天风波!
文明（江欣燕）和饺子（郭晋安）两兄弟自小隐居山林，与外世隔绝。义父死后，决意闯荡江湖，两个无知少年乌龙百出。后来两人进入秋山派，拜司马行空（白彪）为师，大师兄达生平（陶大宇）不被行空信任，故谋夺掌门之位，并对师妹宋婉儿只视作玩物，无心理会。文明聪敏好玩，与咏咏(黎芷珊)和洛静琳（陈佩珊）成斗气冤家；饺子忠直习武有成，可惜被误当杀人凶手，遭正派追捕，幸得红叶教教主毛语问收留，其养女素素（刘秀萍）更钟情于饺子。此时文明被揭发是行空的私生女，遂被逼学作女人。咏与琳痛斩情丝，师兄胡刚却展开追求，而文明与饺子渐发展成爱侣。秋山派与红叶教正邪不两立，平暗中煽动两派互攻，做收渔人之利。但却令夹于两派的文、饺陷于苦恋。他两不容平奸计得逞，决联手对付
忍不住查看男友手机的初见（黄翠茹 饰）意外的发现了男友和其他女孩的暧昧讯息，感情受到伤害的初见黯然神伤，再也无法面对男友一如既往的甜言蜜语。天送（黄浩然 饰）的姐姐和姐夫死于一场火灾，心中充满了对于姐姐的愧疚，天送毅然放弃了自己成为玻璃艺术家的梦想，收养了姐姐的女儿悠悠（杨铠凝 饰），没想到他对悠悠的无微不至在无形之中给予了恋人蔡妍（姚子羚 饰）巨大的心理压力，如积月累之间，两人渐行渐远。
六十年代香港，经营皓月珠宝店的富商朱兆昌（刘江饰）膝下只有三个女儿，长女朱碧云（商天娥饰）、次女朱碧霞（宣萱饰）及三女儿朱碧霖（陈美诗饰）。兆昌一直希望勤奋又聪明的碧霞继承家业，但碧霞不理父亲的期望，反而离家出走。兆昌只好将碧云嫁给自家伙计何祥兴（林保怡饰），让其协助打理家族生意。而兆昌的外甥洪耀生（陶大宇饰）一直对兆昌的家业虎视眈眈，更利用职务之便以权谋私。世事无常，碧霞的丈夫身故，兆昌因肝癌去世。碧云与碧霞共同管理珠宝店。然而觊觎朱家财产已久的耀生，居然与苏丽嫦（滕丽名饰）合谋，谎称丽嫦为兆昌情妇。为夺家业，他更不惜挑拨离间三姐妹的感情，三人视如水火。四分五裂的朱家，频临家破人亡的惨状。此时，朱家三姐妹才恍然觉悟，终于团结起来，联手作出大反击。
留美科学家蒋晋(陈欣健)，终日埋首研究复制人，其妻无法忍受，决定携子下堂求去，蒋晋无法挽回，竟将儿子嘉伟(梁朝伟)复制，交给妻子带回香港。后来，蒋晋亦携子回港发展，与女医生程诗华(欧阳佩珊)合作开诊所。诗华自幼在孤儿院长大，后得电脑奇才刘汉忠(冯淬帆)帮助，完成医科课程。诗华除有自己诊所外，亦担任儿童院的义务医生。儿童院内有一性格孤僻之少年张嘉伟(梁朝伟)，诗华觉他与自己童年时很相似，逐决心开导他。原来张嘉伟即蒋晋的复制儿子，原来其母去世后，他举目无亲，被送入孤儿院。院内另有一少年黄大勇，性情顽劣，诗华对他亦循循善诱。时刘汉忠与蒋晋正秘密研制复制人，一日，黄大勇撞车受重伤，两人见大勇将死，遂复制他作试验。期间，蒋晋亦发现了张嘉伟乃其复制儿子，更发觉他为人纯品、敦厚老实，与其自小缺乏教导，误入歧途的亲生儿子实有天壤之别。究竟蒋晋最后如何面对这两个儿子，而当复制儿子知道事实后，又如何面对自己的身分呢？
宇文峰（郑少秋 饰）出身武当，勤学苦练，身手了得，学成下山后，宇文峰受到了当时最大的兵器工厂唐门的赏识，门主更是将女儿唐碧（汪明荃 饰）许配他。哪知道唐门突遭不幸，被诬陷勾结外族，落得满门抄斩的下场，而宇文峰则被打入大牢，即将问斩。太监张诚（陈鸿烈 饰）欣赏宇文峰的身手为人，以替他卖命作为条件，救下了宇文峰。
