吹奏乐竞赛京都府大赛。 在那里漂亮地取得金奖的北宇治高中吹奏乐部， 向着下一个舞台·强豪云集的关西大赛发起挑战……！
工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了经常帮助他的阿笠博士，博士为他度身打造不少间谍武器。为了防止犯罪团伙对他进行报复，新一决定隐姓埋名，暗中追查他们，希望能得到解药。一日，新一 的女友毛利兰来到了阿笠博士的家寻找男友的下落，被小兰撞见的新一情急之下编造了自己名叫江户川柯南，随后柯南寄居在了小兰家。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探，新一可以籍着和他一起四出办案一起追查黑夜人的下落。柯南在小学认识步美等小学生，他们一起组织了一个少年侦探团，向罪犯宣战！
故事以20世纪70年代日本静冈清水市为背景，这里生活着快乐而幸福的樱一家。樱桃子（小丸子）是家中最小的女儿，她贪玩懒惰，还迷迷糊糊，经常惹得妈妈和姐姐大发雷霆。不过身边有个没正形儿的父亲和溺爱她的爷爷，倒让小丸子的生活不致于太无聊。尤其是爷爷，祖孙俩在一起可没少闹笑话。
