宋仲基与徒弟邝港生是两大投资银行家，但港生为利益不择手段，两师徒走向决裂。仲基专横自大，却因一次坠机意外变成「90后」的包豹，被迫与阿姨包美娜同居，又怀疑妻子凌洁茹跟港生出轨。迷惘之际，仲基巧遇刘行，有感惺惺相惜，并联同他寻找回复真身之法。仲基为重拾昔日光景，审时度势，决与银行界名门尚家有血海深仇的港生，以及欲报契爷之仇的刘行联手，兵分三路混入尚家「做世界」，引发一场跨越世代的惊天风波!
宇文峰（郑少秋 饰）出身武当，勤学苦练，身手了得，学成下山后，宇文峰受到了当时最大的兵器工厂唐门的赏识，门主更是将女儿唐碧（汪明荃 饰）许配他。哪知道唐门突遭不幸，被诬陷勾结外族，落得满门抄斩的下场，而宇文峰则被打入大牢，即将问斩。太监张诚（陈鸿烈 饰）欣赏宇文峰的身手为人，以替他卖命作为条件，救下了宇文峰。那边厢，唐碧死里逃生，之后成为了京城第一大镖局的女当家，丈夫死后，唐碧接管了镖局，并且最终凭借她的智慧和能力获得了周围人的认可。宇文峰加入了锦衣卫，受张诚胁迫，干尽了伤天害理之事，一次偶然中，宇文峰和唐碧重逢了，一段旷世情缘再度拉开帷幕。
征战PTU一年后，李柏翘（陈键锋 饰）加入冲锋队，而钟立文（吴卓羲 饰）加入特别职务队。两人的行事风格迥异，柏翘接连高升，而立文则总为冲动埋单。台湾坐牢十年的江世孝（苗侨伟 饰）出狱，被进兴老大杜亦天接回香港，准备委以重任。但遭到Laughing哥（谢天华 饰）的不满，处处挑衅。期间，立文为了破获制毒工场，邂逅了盗版妹江悠悠（江若琳 饰），而后者刚好是江世孝失散多年的女儿。在大嫂程若芯（周海媚 饰）的撮合下，父女终于相认。而江世孝也投桃报李为程若芯找到了母亲花姐。花姐之女花若葆在Car1受到李Sir不留情面的责骂。幸好有柏翘劝慰才得以化解，两人暗生情愫。与此同时，立文与悠悠也是假戏真做，一个扮演小公主，一个扮幸运王子。正在此时，立文奉命作进兴卧底，投靠Laughing，后者游走在江世孝与程若芯之间，亦正亦邪……
香港SARS疫潮过后，人们终于从阴霾中走出来。脑外科医生程至美（吴启华饰）突然得知前女友的死讯，情绪崩溃，极度自责抑郁。法医岑雅晴（黎姿饰）伴其左右，鼓励他重新建立信心。急症室医生黎国柱（林保怡饰）结束了与女友的恋情，却卷入与骨科医生叶淘（吴美珩饰）及见习医生曾淑淇（廖碧儿饰）的三角恋中。不幸感染SARS的心脏科医生林敏智（陈豪饰）留下后遗症，为保全名声而隐瞒病情，却令病情日益恶化。妇产科医生万安生（邵美琪饰）与急症科医生向众仁（曹永廉饰）正计划共同生活，然而却因护士戴玉莹（姚嘉妮饰）的介入而面临一场情感考验。由香港无线电视制作的现代时装医务纪实电视剧《妙手仁心3》是《妙手仁心》系列的第三辑，监制戚其义与编剧周旭明的黄金组合更是精心打造此辑“妙手系列”。此辑剧集在风格上延续了前两辑经典之处，一如既往的得到医务人员协助实景拍摄，继续讲述医护人员在工作中的点滴故事。
Jackie（蔡少芬 饰）罹患脑癌后一直昏迷，程至美（吴启华 饰）一直守候照顾。至美的用情专一深深感动了同一所医院的医生何心研（蒙嘉慧 饰）。富家女出身的心研跟风流医生林敏智（陈豪 饰）本是恋人，遇上了至美才让她看到了细水长流的爱情。江满月（苏永康 饰）因爱滋病逝世，姐姐新月（陈慧珊 饰）伤心欲绝，黎国柱（林宝怡 饰）在身边给予安慰，两人之间的爱情再次滋生。好景不长，国柱与助手阮朗平（陈洁仪 饰）日久生情了。朗平后来觉得对新月十分歉意，独自离开了香港。不久国柱知道朗平怀孕了，便推测自己是否孩子的父亲，情急之下把真相告诉了新月…
添为裙褂店老板，对婚姻及裙褂店都有一分执著，即使妻子辞世多年，亦无再婚念头，直至遇上美。美是释囚，添因同情其遭遇，遂让美在其裙褂店里工作，更与美发展出一段黄婚恋。正因添对裙褂的一针一线都有感情，故不愿与师弟乐经营的婚纱店合作，抗拒将裙褂机械化、工业化，直至乐妻飞积极游说，才应允合作。添有一子一女，大女恩安于平淡的婚姻生活，察觉不到婚姻背后的暗涌，恩丈夫伟已厌倦工作和婚姻，遇上志趣相投的摄影助手岚，遂热烈追求岚，后更与恩弄致离婚收场。次子贤与仪相恋多年，合资买楼结婚，却遇上金融风暴，两口子经常为经济问题而争执，后仪更爱上勇，贤又与仪母发展暮水忘年恋，带出一段错综复杂的四角关系。伟兄乐经常周旋在前妻珊、妻子飞及情人慧之间，尽享齐人之福，直至生意失败，才发现一直支持自己的只有珊。恩之好友芝供男友坚到外国读书，可惜坚却见异思迁，追求大律师之女舒，芝经此一役，对爱情失去信心，后虽遇上三，但对三仍有戒心，幸三体谅芝，二人终于步入教堂。
O记沙展天宝（林宝怡 饰）在酒吧重遇了当日杀死妻子刑满释放的道友强，忍不住将打得他重伤入院。随后，城中富商纪中南（曾江 饰）的独子彦祖（马浚伟 饰）遭绑架，天宝在监视绑匪刘英勇的情妇石小玉时发现了他们收藏人质的地点，马上前往营救人质。匪徒在收到了赎金后得知了天宝正在前往营救人质，于是企图引爆炸弹将他和人质炸死，幸好天宝最后关头救出了彦祖。纪中南十分感激天宝，两人成了朋友。这日宝在差馆再遇道友强，借落口供又打了他一顿，岂料因此而被逼自动辞职。好友正杰（张兆辉 饰）邀请天宝加入自己的保安公司，但天宝觉得不合适拒绝了。随后，天宝想自己做生意却又处处碰壁。这天，纪中南想请保镖，正杰知道天宝和他的关系，于是请天宝前往纪中南处为自己的公司作推荐。
远离中原的蛇岛上，独龙尊者带着徒弟金世遗（林峰 饰）生活，将毕生绝学传授给他。一天毒龙尊者突然走火入魔而死，临死前吩咐金世遗带着亲笔书函回到中原交给邙山派掌门吕四娘。向来在孤岛长大不懂中原礼节的金世遗衣衫褴褛地踏上中原土地，被误认为是丐帮弟子卷入帮派纷争，出手不凡的他引起了邙山派女弟子谷之华（李彩桦 饰）的注意。而血滴子杀手厉胜男（叶璇 饰）也盯上了金世遗，更对他进行颠倒黑白的教育让他对付正派人士。在前去邙山的途中，金世遗与谷之华渐生情愫，然而厉胜男也对金世遗产生了微妙的女儿之情，这不能出口的爱意与自己特殊的身份令她喜怒无常，金世遗捉摸不透。随着门派纷争进一步扩大，金世遗与厉胜男、谷之华这两位绝代女子也经历了感情涤荡。
剧集以隐形任务战略部队及反恐特勤队作为剧集主题，讲述一众反恐精英与不法份子掀起连场激斗的故事。
高收成（马德钟 饰）是一名律所合伙人，一次偶然中，他在一个名叫“人有相似”的网站上和自己的初恋俞风（汤洛雯 饰）重逢了。这个网站专门用以寻找样貌相似的人，而俞风所寻找的，正是和高收成长相相似的男人，没想到还真有，这个男人的名字叫做巫祺男（马德钟 饰）。
「孝感动天」是以四个古代感人故事，来表彰百行以孝为先之美德。演员阵容鼎盛，剧情感人肺腑。缇萦救父──缇萦（蔡少芬）自幼与父（胡枫）相依为命，侍父至孝。后其父被诬害入狱，为救父她不惜滚针床、赤足踏火炭、饮毒酒、甚至代父受刑。她的孝义终感动皇上赦免其父之罪，并废残酷不仁之五刑。精忠旗──岳珂（魏骏杰）为岳飞之后，忠心爱国，并立志替先祖翻案雪耻，后取得证据可替岳飞翻案，但为顾全先皇颜面，终以鲜血毁证物。此举感动在任皇帝下旨恢复岳家名声，岳珂继祖志显孝，名留青史。目莲救母──目莲（叶蕴仪）自幼被遗，几经辛苦，寻获生母刘青提（魏秋桦），惜其母因杀人被判入狱，后得怪病而死，被困地狱。目莲为救母竟打破地狱门，舍身割肉喂鬼，令其母感动忏悔，令天地为开，修成正果。赵氏孤儿──赵武（罗嘉良）本为忠臣良将之后，因其父被奸臣所害，遭灭门惨变。武为忠仆程婴（刘江）所救并抚养成人，婴为助武诛仇人，更不惜牺牲自己。后武感念养父子之恩，以上卿身分将婴灵位奉养于赵家祠，孝顺之心可昭日月。
这次故事的舞台发生在海关入境处。作为入境处总入境助理的方浚杰（郭晋安 饰）一直以来都安于现状，因为曾经和上司麦启铭（姜大伟 饰）发生过冲突，对升值也不再抱有希望。和在深圳相识的内地女子张思敏（姚嘉妮 饰）结婚，终于等来了申请成功，本以为就此可以一家团聚的浚杰，却因为大嫂对妻子的排挤，矛盾颇多。为家务事烦恼的浚杰接到了更大噩耗是，妻子居然多年前曾在香港犯案，这让正义感颇强的浚杰无法接受。在妻子离开的过程中，浚杰的同期好友叶安琪（蒙嘉慧 饰）对他照顾有加，在这当中，浚杰同安琪的感情在滋长。而后，浚杰又认识了港口管制组入境主任欧顺风（邓健泓 饰），从误会到冰释前嫌，二人迅速结为好友。而浚杰也也迎来了其事业的转机…
