Muv-Luv ATE全名为《Muv-Luv Alternative Total eclipse 》，全集动画片改编自《Muv-Luv Alternative》的外传小说。故事的时间设定在西元2001年，由于人类遭到地球外起源种(联合国称其为BETA)的侵略，正面临灭亡的危机，因此人类开始了先进战术机技术开发计划“XFJ计划”，各个国家均派遣了专门人员参与其中，该作讲述的就是这些被派遣过来的人员之间的故事。（有虫子吃掉妹纸情节,反差极大,请谨慎观看.）
贫穷青年杨敬华遭遇交通事故，再次醒来以后，他发现自己成为年轻了10岁的水灵少年！正当他妄想着这是死后重生，马上就可以踏上人生巅峰的时候，眼前出现了一个自称“阳冥司”的白发帅哥，他告诉杨敬华“你已经死了”之后奇怪的说出“少年，和我签订契约吗？”邀请他。后来，二人对彼此溢出深厚的感情，互相支撑彼此的旅程。
升上高中2年级的香澄一行人，她们的乐团“Poppin'Party”因为忙着学生会、帮忙家里的店、补习班以及打工，5人能聚在一起的时间变少，也一直没办法在乐团的基地“仓库”集合。这时，有1位少女出现在她们的身边——
