“信号塔大战”后，熊大、熊二和光头强的缩小器再度遗失。三人组合继续留守不夜城，找寻缩小器的回家之路更是状况频出，但他们从未放弃希望，最终与小动物们合力拯救小镇，呈现了一场精彩惊险的微观世界冒险之旅。
在奥克兰，三个孩子遭遇了奇异的彩虹，通过彩虹的能量波动穿越到了中国。因为他们的莽撞之举，造成了这个世界的能量失衡。在中国获得帮助的他们，最终克服了重重障碍让这个世界恢复了原有的模样，同时也获得了成长与友谊。
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酋长马拉库达的儿子本应成为一名真正的战士，但他却完全不懂狩猎，令父亲大失所望。马拉库达独自一人进入森林，找到了神鸟叮叮，叮叮赋予他理解动物和鸟类语言的天赋。马拉库达和叮叮满载而归。小男孩并不知道，根据传统，为了部落的繁荣，必须牺牲这只神鸟。
