这个星球上生活着不可思议的生物神奇宝贝。现在开始讲述少年小智和神奇宝贝们的相遇、冒险和战斗经历的故事。在结束了在成都地区的旅行后 小智只带上了他最先获得的神奇宝贝——皮卡丘 来到了芳缘地方。但是在到芳缘地方的途中，皮卡丘被火箭队的攻击变得异常奇怪...在AG中，小智和新加入的女主角——小遥，永远支持着小智的小刚，以及小遥的弟弟小胜，一起在芳缘地方，以及到对战开拓区旅行
这是一个神灵真实存在的世界，正如神话中所流传的那样，诸神在各自的领域中发挥着不同的作用。但是，逐渐的，有一些邪恶的神开始无法安分守己，他们的欲望和权利想要的到伸张，也会带来毁灭性的灾难。于是，一些有特殊能力能够杀死神灵的少年和少女们出现了，我们称他们为弑神者。草薙护堂（松冈祯丞 配音）是一个普通的高中生，一次偶然中，他打败了军神继承了他的能力，从此，一条弑神的道路在护堂面前展开了。与此同时，少女艾丽卡（日笠阳子 配音）、巫女万里谷祐理（花泽香菜 配音）、艾丽卡的好友利利亚娜（喜多村英梨 配音）等人也都逐渐发现了自己的能力，随着战斗的深入，他们发现，单打独斗绝非正道，只有团结起来，利用优势隐藏劣势，才有可能战胜那最后的，最可怕的，也是最强大的敌人
木手英一（藤田淑子 音）是一个运动神经超级不发达但头脑极为灵光的日本小学生，他的祖先奇天烈斋曾是江户时代著名的发明家，生前著有《奇天烈大百科》，里面收集了他本人各种各样神奇的发明。英一继承了祖先热衷发明的基因，他偶然找到那本著作，按照书中的说明造出了会说话的机器人可罗（小山茉美 音）。以武士自居的可罗喜欢吃可乐饼或薯饼，个性善良却爱哭鼻子。英一在可罗和小伙伴的帮助下造出各种好玩、实用的道具，给他们带来许多快乐……
曾经肆虐人间的邪恶世界的封印已被打破，无数邪恶士兵开始了入侵。五位年轻的武士挺身而出，拯救人类。他们就是武士战队！他们战斗生涯的新篇章就此展开！
