斗罗大陆3龙王传说故事结束一万年后，冰化了，斗罗联邦科考队在极北之地科考时发现了一个有着金银双色花纹的蛋，用仪器探察之后，发现里面居然有生命体征，赶忙将其带回研究所进行孵化。蛋孵化出来了，可孵出来的却是一个婴儿，和人类一模一样的婴儿，一个蛋生的孩子。
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20世纪60年代初，从二战的沉重打击中复苏的日本，正以极快的速度在世人的注视下重新确立自己的地位。位于横滨某个海港小镇，松崎家四姐弟和住客过着平凡的生活。16岁的姐姐海（长泽雅美 配音）照顾所有人的衣食起居，清晨则例行升起祈愿平安航行的信号旗。偶然的机会，海结识了同校新闻部的男孩风间俊（冈田准一 配音），校园生活平添一道靓丽的色彩。与此同时，东京奥运会召开在即，学校内俊和一群好友所栖身的古旧建筑“拉丁区”面临拆毁的命运。为了保护心中的圣地，俊、海以及同好们联合起来。在此过程中，他们心中某种隐秘的情愫悄然滋长，但是意想不到的命运却挡在了彼此的面前……
三年前的8月31日，“侵略者”巨大的母舰突如其来地降临在东京，眼看这个世界即将迎来末日。自此之后，绝望渐渐地融入了日常生活；大大的飞碟盘旋于空中，今天也依然不变地持续环绕着世界。而在还没有来到世界末日的此刻，小山门出、中川凰兰这两个高中女生的青春时代才正要展开。
